FORM E原产地证是东盟自由贸易区内的优惠原产地证明，用于在东盟国家间进行贸易时享受关税减免。以下是马来西亚出口时申请FORM E原产地证的流程：

1. 了解FORM E原产地证的要求和规定：在开始申请之前，需要了解FORM E原产地证的相关要求和规定，包括证书的适用范围、申请条件、申请流程等。

2. 准备申请材料：根据要求准备相关的申请材料，包括出口货物的详细清单、发票、合同等文件。

3. 完成出口货物的原产地声明：根据马来西亚出口货物的实际情况，完成原产地声明。该声明应详细说明货物的生产地、生产过程等信息。

4. 在出口国申请FORM E原产地证：在马来西亚的出口国相关部门或机构申请FORM E原产地证。通常需要填写申请表格并提交相关材料。

5. 审核和批准：出口国相关部门或机构将对申请材料进行审核和批准。如果申请材料齐全、符合要求，并且货物符合原产地规定，将会被批准并颁发FORM E原产地证。

6. 领取证书：一旦FORM E原产地证被批准，申请人需要到指定地点领取证书。

7. 在马来西亚海关清关时使用证书：在货物抵达马来西亚并需要进行海关清关时，将FORM E原产地证提交给马来西亚海关。海关将根据证书上的信息对货物进行审查和确认，并给予相应的关税减免。

在申请FORM E原产地证的过程中，需要注意以下几点：

1. 确保货物的生产地符合东盟自由贸易区内的原产地规定。

2. 准确填写申请表格和提交相关材料，确保信息真实、完整、准确。

3. 遵守出口国和马来西亚的相关法律法规和规定，确保出口货物的合法性和合规性。

4. 在领取证书后，妥善保管证书，避免丢失或损坏。

总的来说，以上就是马来西亚出口时申请FORM E原产地证的流程及注意事项。希望这些信息能帮助您更好地了解和应对马来西亚的出口流程。在具体操作中，请务必遵守当地法律法规和规定，以确保出口过程的顺利进行。