出口到洪都拉斯的免费贸易协定原产地证办理指南主要包括以下步骤：

一、了解相关协定与规定

在办理原产地证之前，首先需要了解中国与洪都拉斯之间的自由贸易协定内容，包括协定范围、适用税率等。确保出口产品符合协定规定，以便享受关税优惠。

二、准备必要文件

办理原产地证需要准备的文件包括：

1. 出口合同：显示买卖双方的信息、产品描述、价格、交货方式等。

2. 发票：显示产品的详细信息、价格、交货日期等。

3. 包装单据：如果产品需要进行特殊包装，需要提供相关证明文件。

4. 原产地声明：说明产品原产地的声明，需由出口方签署。

三、申请原产地证

申请原产地证可以通过以下两种方式：

1. 在线申请：在相关zhengfubumen的guanfangwangzhan上，按照网站指引填写相关信息并提交申请。

2. 离线申请：将所需文件提交给当地出入境检验检疫局或商务局等机构进行申请。

四、审核与核发

提交申请后，相关部门将对所提交的文件进行审核。审核通过后，将核发原产地证。

五、注意事项

1. 确保所提交的文件真实有效，否则可能导致申请被拒绝或受到处罚。

2. 在申请过程中，保持与相关部门的沟通，以便及时解决问题。

3. 注意原产地证的有效期，确保在有效期内使用。

4. 根据洪都拉斯的进口规定和要求，可能需要提供其他相关文件或证明。请提前了解并准备相关文件。

以上是出口到洪都拉斯的免费贸易协定原产地证办理指南的简要介绍，具体流程和要求可能因地区和产品类型而有所不同。建议在办理前咨询当地相关部门或专业机构以获取更详细的信息和指导。